滑塊與軌道之間的配合精度決定了系統的整體剛性。微型直線導軌通常采用預壓設計——通過在滾珠與滾道之間施加微小過盈量來消內部間隙。預壓等級分為微預壓、輕預壓和中預壓，分別對應不同的剛性與阻力需求。
預壓量的設計精度要求高。以寬度7mm的微型導軌為例，滾珠直徑的過盈量通常控制在2-5μm范圍內。過盈量過大會導致運行阻力劇增、溫升加快；過盈量不足則無法消間隙，影響重復定位精度。配合公差的實現依賴于分級選配工藝——將滾珠按直徑分組，再與磨削后的軌道匹配組合，確保每套導軌的預壓一致性。
微型導軌的服役環境常伴隨溫度波動，尺寸的熱穩定性至關重要。導軌材料通常選用軸承鋼或不銹鋼，經淬火+低溫回火處理后，組織轉變為穩定的回火馬氏體，硬度達HRC 58-62。
為消加工應力，精密級微型導軌在粗磨后需進行深冷處理，促使殘余奧氏體轉變為馬氏體，提升尺寸長期穩定性。數據顯示，經過深冷處理的導軌，在一年自然時效中的尺寸變化量可降低至未處理材料的1/3。
結構設計的精密度需要通過精密測量驗證。激光干涉儀用于檢測導軌的直線度與定位精度；圓度儀用于測量滾珠的圓度公差；三坐標測量機則用于復核軌道截面的輪廓精度。對于成套導軌，還需進行動態阻力測試——摩擦力波動應小于額定負載的3%。